Για την οργάνωση και λειτουργία του ΔΔΠΜΣ αρμόδια είναι η Ειδική Διϊδρυματική Επιτροπή (ΕΔΕ), η οποία αποτελείται από τους εξής:
- Καθηγητής, Πύρρος Παπαδημητρίου, Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Διεθνών Σχέσεων του Παν/μιου Πελ/νήσου (Διευθυντής του ΔΔΠΜΣ)
- Καθηγητής, Μιχάλης Σφακιανάκης, Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων του Παν/μιου Πειραιώς (Αναπληρωτής Διευθυντής)
- Αναπληρωτής Καθηγητής, Εμμανουήλ Παπάζογλου, Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Διεθνών Σχέσεων του Παν/μιου Πελ/νήσου
- Επίκουρος Καθηγητής, Ιωσήφ Πλυμάκης, Τμήμα Πολιτικής Επιστήμης και Διεθνών Σχέσεων του Παν/μιου Πελ/νήσου
- Καθηγητής, Νικόλαος Γεωργόπουλος, Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων του Παν/μιου Πειραιώς
- Καθηγητής, Δημήτριος Γεωργακέλλος, Τμήμα Οργάνωσης και Διοίκησης Επιχειρήσεων του Παν/μιου Πειραιώς
- Καθηγητής, Ευάγγελος Δρυμπέτας, Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Δημοκριτείου Παν/μιου Θράκης